河南省自然资源科学研究院设置机构及挂靠、代管部门共计20个，其中：
管理部门7个：综合办公室、党委办公室、项目管理办公室、财务科、监察审计办公室、人事教育办公室、工会离退休办公室。
技术研究及技术服务部门9个：发展研究所（矿业权管理技术中心）、资源经济研究中心、矿产资源保护与利用研究所、国土空间规划研究所、自然资源调查与评价研究所、绿色矿业与生态环境研究所、矿产资源储量评审中心评审部、资源信息与数据管理中心、技术咨询中心。
挂靠部门2个：省地质勘查项目管理办公室、省矿产督查员办公室。
代管部门2个：省地质学会秘书处、省自然资源专业标准化技术委员会秘书处。