1959年4月4日，经河南省委批准，“河南省地质局地质科学研究所”在金水路20号（现28号）西楼成立。

1962年8月25日，根据国务院经委批示，撤销河南省地质局地质科学研究所，将其合并入地质部中南地质科学研究所。

1964年，河南省地质局党委决定成立“河南省地质局综合研究队”。1965年1月8日，经国家计委、经委批示将“河南省地质局综合研究队”与“第一矿产公司研究队”合并。

1969年综合研究队迁往济源县。1970年5月18日，综合研究队被撤销，陈祥兆、袁新尚等8人组成综合研究组，迁往登封县芦店，由河南省地质局区域地质测量队代管。

1972年6月，经省地质局请示河南省革命委员会批准，恢复了地质科研所建制，定名为“河南省革命委员会地质局地质科学研究所”。随即由登封芦店迁回郑州市金水路20号（现28号）办公。

1983年4月4日，我所更名为“河南省地质矿产局地质科研所”。

1988年8月，我所更名为“河南省地质科学研究所”。

1993年7月，迁入黄河路41号地质科研生产大楼新址。

2001年5月，河南省编委下文将我所划归省国土资源厅管理。

2004年6月18日，更名挂牌河南省国土资源科学研究院。

2012年7月29日，河南省编办对我院职能进行规范，明确我院主要任务、机构规格、编制、领导职数和经费形式。

2014年12月30日，河南省编办将我院划分为从事公益服务的公益一类事业单位。

2021年2月8日，更名为“河南省自然资源科学研究院”。